Recherche reproductible et création de packages

Le terme de recherche reproductible désigne un changement récent dans la production scientifique : c’est l’idée que le produit final de la recherche ne peut plus être un simple article, mais un article accompagné de tous les éléments nécessaires pour le reproduire, c’est-à-dire principalement le code et les données. Pour que d’autres puissent reproduire le résultat à partir du code et des données, il faut qu’ils soient compréhensibles d’où une nécessité de documenter tous les éléments (code et données) acompagnant l’article.

Dans l’attente de la résolution d’un problème technique sur la plateforme hypotheses.org, les documents correspondant ne sont pas affichés sur le blog mais téléchargeables ci-dessous :

LesPackages

Plusieurs liens pour approfondir cette question des conditions, des limites et des enjeux de la reproductibilité des résultats scientifiques :

 


4 réflexions au sujet de « Recherche reproductible et création de packages »

  1. Bonjour,
    Félicitations pour ce tutoriel très clair. Je débute avec l’utilisation de RStudio, je trouve vos billets sur R bien faits. J’ai un problème avec la création de vignettes. Quand je lance la commande ‘check package’ après avoir suivi vos instructions, un message d’erreur apparaît avec le motif « le traitement de la vignette a échoué avec le diagnostic : it seems you should call rmarkdown::render() instead of knitr::knit2html ». Je ne comprends pas ce message, pouvez-vous me dépanner ?

    • Bonjour,
      Ce que je suggère :
      – vérifier que vous utilisez la dernière version de RStudio,
      – vérifier que les packages rmarkdown et knitr sont bien installés et à jour.
      Dites moi si cela débloque la situation.

      • Merci pour la réponse.
        Je ne sais pas si j’ai trouvé, mais c’est débloqué. D’abord ,j’ai toujours mon message d’erreur après avoir mis à jour RStudio et les packages (rmarkdown, knitr) comme vous le suggérez.
        Puis, en cherchant dans la documentation (http://rmarkdown.rstudio.com/package_vignette_format.html), j’ai crée une vignette au format ‘html_vignette’ à la place du format ‘html_document’. Cette fois, plus de message d’erreur, mais R dit que la vignette ‘Utiliser_la_fonction_square’ est introuvable. Or, elle existe bien.

      • Finalement, pour la résolution de mon problème, j’ai modifié les étapes de votre méthode comme suit :
        – ajouter %\VignetteEngine{knitr::rmardown} à la place de %\VignetteEngine{knitr::knitr} au début du document R Markdown .Rmd
        – exécuter la commande devtools::install(build_vignettes = TRUE) après avoir installé le package
        Alors, la commande vignette(« Utiliser_la_fonction_square », package = « monPackage ») affiche bien la vignette

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