Titre : Recherche reproductible et création de packages

Intervenants : Timothée Giraud, Hadrien Commenges

Résumé :

La séance porte sur la “recherche reproductible”, deux points seront abordés : la rédaction de documents dynamiques utilisant R et markdown et la création de packages. Le premier point explique comment rédiger des documents avec des traitements reproductibles, documents tout-en-un qui combinent les contenus textuels, les codes et les sorties graphiques. Le second point s’inscrit aussi dans cet objectif de reproductibilité, il s’agit de mettre au point une procédure (une fonction simple pour cette séance), de la documenter et de la rendre générique pour que d’autres utilisateurs puissent la reproduire.

Matériel et software nécessaire :

• un ordinateur portable
• une version récente de R et de RStudio
• les packages reshape2, roxygen2, devtools
• tous les packages liés à l’utilisation de markdown : dans RStudio, aller dans File > New > R Markdown, il propose automatiquement l’installation de tous les packages nécessaires

Informations pratiques :

Vendredi 3 octobre de 14 à 16h

Université Paris Diderot – Paris 7

Bâtiment Olympe de Gouges – Salle 103